Этот тематический блок своей целью ставит поддержку проектов, призванных улучшить экологическое состояние трансграничных водотоков. Желательно, чтобы реки находились под охраной межгосударственных соглашений, как, например, Западная Двина (Даугава), Неман, Западный Буг. Предпочтение будет отдаваться проектным предложениям, тесно связанным с уже реализованными крупными и средними проектами ГЭФ, в рамках которых дана стратегическая экологическая оценка, разработаны и утверждены национальные планы действий (например, международный проект ГЭФ по реке Днепр). На финансирование смогут претендовать также проектные идеи, объединяющие усилия общественных организаций и жителей как Беларуси, так и двух и более стран в рамках многостороннего межгосударственного сотрудничества по преодолению негативных последствий человеческой деятельности на водные экосистемы.
При выборе проектной заявки приоритет за регионами, где отмечено низкое качество поверхностных или грунтовых вод, в том числе водоохранных зон рек, особенно пойм, и их водосборных полос. Проекты могут быть нацелены на предотвращение выброса таких загрязняющих веществ, как биогенные вещества (нутриенты), биологические и стойкие органические загрязнители (СОЗ), тяжелые металлы. Подобные загрязнители угрожают экосистемам, накапливаются в организме и не поддаются нейтрализации чистой водой.
Конкурентным преимуществом будут обладать проекты, которые: